世界では今この瞬間、数々の悪の組織が世界征服を狙っている。
それを倒すべく日夜戦っているのが「ヒーロー」だ。
戦隊ヒーロー、メタルヒーロー、変身ヒーローetc...。
さまざまなヒーローが世界の平和を守るため、
ずっと昔から戦い続けていたのだ。

そしてそんな未来の担い手、新たなヒーローを生み出す機関もまた、この世界には存在する。
それこそ、特殊戦闘員育成機関『ヒーローアカデミーJ』。
毎年毎年、熱い正義を胸にヒーローを夢見る若者たちが、
その門戸を叩く、いわばヒーローの登竜門である。

最終試験に無事合格した守たち5人。
入学して初の授業で担任教師の赤沢が出した課題は、
「大声を出すこと」
前口上や必殺技を叫ぶ大声こそ、ヒーローの第一歩。
やや照れが残りつつも課題をこなしていく守たちだったが、
ただひとり、御徒町だけは声を出せないでいた。
対人恐怖症の彼は大声で叫ぶどころか、
ロッカーの中に隠れて人前に出ることすらできない。
挙げ句そんな自分に絶望し、教室から逃げ出してしまう。
「ヒーローにはな、仲間って奴も必要不可欠なんだよ」
赤沢の言葉を背に同じ仲間を励ますべく、
守たちは御徒町を追いかけるのであった。